Le microbiote en médecine de précision : quelles approches méthodologiques pour l'analyse de données
cliniques limitées ?
Microbiome, Médecine de précision, Machine Learning, Mucoviscidose
Thématique : Analyse des données
Type de talk : Démonstration scientifique ou technique
Public : Tout public intéressé à la data science
Résumé du talk :
L’étude du microbiome ouvre des perspectives prometteuses en médecine de précision, notamment pour la
prédiction de la réponse aux traitements. Ces données présentent toutefois une forte complexité : elles sont
longitudinales, issues de sources multiples (microbiome intestinal, pulmonaire), de grande dimension
(l’abondance de milliers d’espèces de bactéries, de champignons, etc. est mesurée), tout en reposant sur des
effectifs limités, typiques de petites cohortes cliniques comprenant de l’ordre d’une centaine de patients. Cette
présentation illustre une approche méthodologique spécifiquement adaptée aux contraintes cliniques réelles et
aux caractéristiques de ces données, à travers un cas d’étude centré sur la mucoviscidose et la réponse aux
traitements modulateurs (CFTR). Ces derniers constituent une avancée majeure pour la qualité de vie des
patients, mais leur efficacité demeure hétérogène.
L’objectif est d’illustrer qu’il est possible de développer des modèles prédictifs interprétables, même à partir de
cohortes restreintes. La présentation abordera les principaux défis méthodologiques, les arbitrages entre
performance prédictive et explicabilité des modèles, ainsi que les implications pour la recherche clinique.
Céline HOSTEINS
Doctorante –
Céline Hosteins est doctorante en Informatique pour la Santé au sein de l’unité BPH (Bordeaux Population Health, INSERM U1219; équipe SISTM) à l’Université de Bordeaux, où elle a débuté sa thèse en septembre 2025. Ses travaux portent sur le développement de méthodes d’apprentissage statistique pour l’analyse de données de microbiote longitudinales, de grande dimension et de nature compositionnelle, appliquées à la prédiction clinique.
Titulaire d’une licence en biologie spécialisée en biochimie, elle s’est ensuite réorientée vers l’informatique en obtenant un master en bioinformatique, une trajectoire qui reflète son intérêt pour les approches interdisciplinaires à l’interface entre biologie, clinique et intelligence artificielle.
Ses recherches actuelles s’inscrivent dans le contexte de la mucoviscidose, avec pour objectif de prédire la réponse clinique aux modulateurs CFTR à partir de données de microbiote pulmonaire pédiatrique.
Le Centre de recherche sur la santé des populations de Bordeaux, le BPH, se consacre à la recherche sur les principales priorités de santé publique dans un large éventail de disciplines. Les équipes du BPH visent à générer des preuves scientifiques de haute qualité pour :● mieux comprendre les mécanismes des maladies
● prévenir leur apparition dans la population
● fournir des soins optimaux aux patients
Le Centre de recherche sur la santé des populations de Bordeaux BPH est une unité de recherche de l’Inserm (Institut National de la Recherche Médicale, U 1219) et de l’université de Bordeaux.